La Diócesis de San Diego tiene dos santos patronos: San Diego y Nuestra Señora del Refugio.
San Diego de Alcalá
La ciudad de San Diego recibe su nombre de San Dídaco, un fraile franciscano del siglo XV originario de Alcalá, España, que trabajaba en la enfermería de su convento y atendía a los pobres. («Dídaco» es la forma latinizada de «Diego»).
Cuando San Diego se convirtió en una diócesis independiente el 11 de julio de 1936, adoptó como patrón principal al santo que da nombre a su iglesia más emblemática, la Misión de San Diego de Alcalá.
Tradicionalmente, se representa a San Dácaro sosteniendo una olla de sopa —símbolo de su servicio a los pobres— y la cruz y tres clavos, que representan su devoción por la Pasión de Cristo. El escudo de la diócesis destaca estos elementos.
La fiesta de San Diego se celebra el 7 de noviembre.
Nuestra Señora del Refugio
La condición de Nuestra Señora del Refugio como patrona se remonta a una época en la que tanto Alta como Baja California formaban parte de una única diócesis. Bajo el título de Nuestra Señora del Refugio, la Santísima Virgen fue proclamada Patrona de las Dos Californias por el primer obispo de la región el 4 de enero de 1843.
A medida que la enorme diócesis se fue dividiendo en las numerosas diócesis californianas que conocemos hoy en día, cada una con su propio santo patrón, Nuestra Señora del Refugio conservó su papel de copatrona.